Bioinformatica con Python Cookbook - Terza edizione: Utilizzare le moderne librerie e applicazioni Python per risolvere i problemi di biologia computazionale del mondo reale.

Recensioni dei lettori

Il libro sulla bioinformatica con Python è apprezzato per la copertura completa e la guida pratica sia per i principianti che per gli utenti esperti. Tuttavia, presenta problemi significativi, tra cui esempi di codice problematici e scarsa qualità di stampa, che ne sminuiscono il valore come riferimento.

⬤ Copertura completa di argomenti bioinformatici e considerazioni sulla gestione dei progetti.
⬤ Eccellenti esercizi pratici per attività bioinformatiche reali.
⬤ Ottimo sia per i principianti che per gli utenti esperti, con strumenti e argomenti aggiornati.
⬤ Fornisce risorse e indicazioni utili per sviluppare le competenze di Python in bioinformatica.

⬤ Molti esempi di codice non funzionano o sono obsoleti, con conseguente frustrazione.
⬤ Scarsa qualità di stampa, con pagine stampate male e illustrazioni in bianco e nero.
⬤ Alcuni utenti hanno trovato le spiegazioni poco chiare e poco utili rispetto ad altre risorse.

(basato su 10 recensioni dei lettori)

Titolo originale:

Bioinformatics with Python Cookbook - Third Edition: Use modern Python libraries and applications to solve real-world computational biology problems

Contenuto del libro:

Entdecken Sie moderne Sequenzierungsbibliotheken der nächsten Generation aus dem leistungsstarken Python-Ökosystem, um Spitzenforschung zu betreiben und große Mengen an biologischen Daten zu analysieren.

Hauptmerkmale:

⬤ Führen Sie komplexe bioinformatische Analysen mit den wichtigsten Python-Bibliotheken und -Anwendungen durch.

⬤ Implementieren Sie Sequenzierung der nächsten Generation, Metagenomik, automatisierte Analysen, Populationsgenetik und vieles mehr.

⬤ Erforschen Sie verschiedene statistische und maschinelle Lerntechniken für die bioinformatische Datenanalyse.

Buchbeschreibung:

Die Bioinformatik ist ein aktives Forschungsgebiet, das eine Reihe einfacher bis fortgeschrittener Berechnungen verwendet, um wertvolle Informationen aus biologischen Daten zu extrahieren. Dieses Buch zeigt Ihnen, wie Sie diese Aufgaben mit Python bewältigen können.

Questa terza edizione aggiornata del ricettario Bioinformatica con Python inizia con una rapida panoramica dei vari strumenti e librerie dell'ecosistema Python che vi aiuteranno a convertire, analizzare e visualizzare i set di dati biologici. Poi, con l'aiuto di esempi reali, verranno illustrate le tecniche chiave per il sequenziamento di nuova generazione, l'analisi di singole cellule, la genomica, la metagenomica, la genetica delle popolazioni, la filogenetica e la proteomica. Imparerete a lavorare con importanti sistemi di pipeline, come i server Galaxy e Snakemake, e a comprendere i vari moduli di Python per la programmazione funzionale e asincrona. Questo libro vi aiuterà anche a esplorare argomenti come la scoperta di SNP utilizzando approcci statistici con framework di calcolo ad alte prestazioni, tra cui Dask e Spark. Inoltre, esplorerete l'applicazione degli algoritmi di apprendimento automatico in bioinformatica.

Alla fine di questo libro su Python per la bioinformatica, sarete dotati delle conoscenze necessarie per implementare le tecniche di programmazione e i framework più recenti, consentendovi di gestire i dati bioinformatici su ogni scala.

Che cosa imparerete?

⬤ Prendere confidenza con librerie di elaborazione dati come NumPy, pandas, arrow e zarr nel contesto dell'analisi bioinformatica.

⬤ Interagire con le banche dati genomiche.

⬤ Risolvere problemi reali nei campi della genetica delle popolazioni, della filogenetica e della proteomica.

⬤ Costruire pipeline bioinformatiche utilizzando un server Galaxy e Snakemake.

⬤ Lavorare con functools e itertools per la programmazione funzionale.

⬤ Eseguire elaborazioni parallele con Dask su dati biologici.

⬤ Esplorare le tecniche di analisi delle componenti principali (PCA) con scikit-learn.

A chi è rivolto questo libro:

Questo libro è rivolto ad analisti bioinformatici, data scientist, biologi computazionali, ricercatori e sviluppatori Python che desiderano affrontare problemi biologici e bioinformatici di livello intermedio-avanzato. È richiesta una conoscenza pratica del linguaggio di programmazione Python. Sarà utile anche una conoscenza di base della biologia.