Bioinformatica con Python Cookbook - Seconda edizione: Imparate a usare le moderne librerie e applicazioni bioinformatiche di Python per fare ricerche all'avanguardia.

Recensioni dei lettori

Il libro fornisce istruzioni approfondite, passo dopo passo, su progetti bioinformatici con Python, rivolte a lettori con qualche conoscenza pregressa. Tuttavia, non è adatto ai principianti a causa delle conoscenze presunte e del codice obsoleto.

Istruzioni approfondite e dettagliate su progetti bioinformatici avanzati. Adatto a lettori con un background in bioinformatica e Python. Copre lo stato dell'arte delle applicazioni in Biopython.

Presuppone una conoscenza preliminare di Python e della bioinformatica, il che lo rende inadatto ai principianti. Il codice è obsoleto e alcune librerie utilizzate non sono più accessibili. Problemi con le condizioni del libro alla consegna.

(basato su 4 recensioni dei lettori)

Titolo originale:

Bioinformatics with Python Cookbook - Second Edition: Learn how to use modern Python bioinformatics libraries and applications to do cutting-edge rese

Contenuto del libro:

Scoprire librerie di sequenziamento moderne e di nuova generazione dall'ecosistema Python per analizzare grandi quantità di dati biologici.

Caratteristiche principali

⬤ Eseguire analisi bioinformatiche complesse utilizzando le più importanti librerie e applicazioni Python.

⬤ Implementare il sequenziamento di nuova generazione, la metagenomica, l'automazione dell'analisi, la genetica delle popolazioni e altro ancora.

⬤ Esplora varie tecniche statistiche e di apprendimento automatico per l'analisi dei dati bioinformatici.

Descrizione del libro

La bioinformatica è un campo di ricerca attivo che utilizza una serie di calcoli da semplici ad avanzati per estrarre informazioni preziose dai dati biologici.

Questo libro tratta il sequenziamento di nuova generazione, la genomica, la metagenomica, la genetica delle popolazioni, la filogenetica e la proteomica. Imparerete le moderne tecniche di programmazione per analizzare grandi quantità di dati biologici. Con l'aiuto di esempi reali, convertirete, analizzerete e visualizzerete insiemi di dati utilizzando vari strumenti e librerie Python.

Questo libro vi aiuterà a capire meglio come lavorare con il server Galaxy, che è il sistema di pipeline bioinformatiche basato sul web più diffuso. Questa edizione aggiornata include anche tecniche avanzate di filtraggio del sequenziamento di nuova generazione. Inoltre, esplorerete argomenti come la scoperta di SNP utilizzando approcci statistici con framework di calcolo ad alte prestazioni come Dask e Spark.

Alla fine di questo libro, sarete in grado di utilizzare e implementare le moderne tecniche di programmazione e i framework per gestire la crescente mole di dati bioinformatici.

Che cosa imparerete?

⬤ Imparare a elaborare grandi insiemi di dati di sequenziamento di nuova generazione (NGS).

⬤ Lavorare con i set di dati genomici utilizzando i formati FASTQ, BAM e VCF.

⬤ Imparare ad eseguire il confronto delle sequenze e la ricostruzione filogenetica.

⬤ Eseguire analisi complesse con i dati protemici.

⬤ Utilizzare Python per interagire con i server Galaxy.

⬤ Utilizzare tecniche di calcolo ad alte prestazioni con Dask e Spark.

⬤ Visualizzare le interazioni tra set di dati proteici utilizzando Cytoscape.

⬤ Utilizzare PCA e Decision Trees, due tecniche di apprendimento automatico, con set di dati biologici.