Ripiegamento delle proteine: Metodi e protocolli

Titolo originale:

Protein Folding: Methods and Protocols

Contenuto del libro:

1. Analisi mutazionale degli stati di transizione del ripiegamento proteico: Valori Phi.

Luis Alberto Campos.

2. Siti di legame con i metalli ingegnerizzati per sondare gli stati di transizione del ripiegamento delle proteine: Analisi Psi.

Michael Baxa, Tobin R. Sosnick.

3. Interrogazione sito-specifica della struttura e della stabilità delle proteine.

Debopreeti Mukherjee, Ismail A. Ahmed e Feng Gai.

4. Purificazione e manipolazione della chaperonina GroEL.

Xiang Ye.

5. -Superfici di energia libera di ripiegamento dalla calorimetria differenziale a scansione.

Jose M. Sanchez-Ruiz e Beatriz Ibarra-Molero.

6. Cinetica di ripiegamento veloce con metodi di salto di temperatura indotti da laser a nanosecondi.

Michele Cerminara.

7. Misura del ripiegamento proteico submillisecondo mediante fluorescenza Trp e ossidazione fotochimica.

David Witalka e Lisa J. Lapidus.

8. Metodi di scambio di idrogeno allo stato nativo e di spettrometria di massa per la rilevazione del ripiegamento e dello srotolamento delle proteine.

Pooja Malhotra e Jayant B. Udgaonkar.

9. Analisi di equilibrio multi-sonda dei processi di (dis)ripiegamento graduale.

Ginka S. Kubelka e Jan Kubelka

10. Analisi Nmr delle reti di interazione per il ripiegamento delle proteine.

Eva de Alba.

11. Metodi di dispersione del rilassamento NMR per l'analisi strutturale e dinamica di sub-stati conformazionali a bassa densità e rapida interconversione.

V. N. Sivanandam, Nicola D'Amelio e Victor Muoz.

12. Metodi di scambio di idrogeno allo stato nativo e di spettrometria di massa per sondare il ripiegamento e lo srotolamento delle proteine.

Pooja Malhotra e Jayant B. Udgaonkar.

13. Approcci di spettroscopia di fluorescenza a singola molecola per la verifica della dinamica e delle interazioni biomolecolari veloci.

Zifan Wang, Nivin Mothi e Victor Muoz.

14. Teoria e analisi degli esperimenti FRET a singola molecola.

Irina V. Gopich e Hoi Sung Chung.

15. Evoluzione meccanochimica dei legami disolfuro nelle proteine.

Jrg Schnfelder, Alvaro Alonso-Caballero e Raul Perez-Jimenez.

16. Simulazioni a grana grossa del ripiegamento delle proteine: Un ponte tra teoria ed esperimenti.

Vincius G. Contessoto, Vincius M. Oliveira e Vitor B. P. Leite.

17. Analisi delle simulazioni di dinamica molecolare del ripiegamento delle proteine.

Robert B. Best.

18. Simulazioni atomistiche del dispiegamento termico.

Angel E Garcia.

19. Simulazioni molecolari di proteine intrinsecamente disordinate e dei loro meccanismi di legame.

Xiakun Chu, Suhani Nagpal e Victor Muoz.

20. Previsione dei tassi di ripiegamento e dispiegamento delle proteine con modelli semplici.

David De Sancho e Victor Munoz.

21. Previsione e simulazione degli effetti mutazionali sulla cinetica di ripiegamento delle proteine.

Athi N. Naganathan.

22 Localizzazione della frustrazione energetica nelle proteine.

A. Brenda Guzovsky, Nicholas P. Schafer, Peter G. Wolynes e Diego U. Ferreiro.

23. Modellazione della struttura, della dinamica e delle trasformazioni delle proteine con il campo di forza UNRES.

Adam K. Sieradzan, Cezary Czaplewski, P awel Krupa, Magdalena A. Mozolewska, Agnieszka Karczyńska, Agnieszka Lipska, Emilia A. Lubecka, Ewa Golas, Tomasz Wirecki, Mariusz Makowski, Stanislaw Oldziej e Adam Liwo.