Reti di interazione proteina-proteina: Metodi e protocolli

Titolo originale:

Protein-Protein Interaction Networks: Methods and Protocols

Contenuto del libro:

Questo volume esplora le tecniche che studiano le interazioni tra le proteine in specie diverse e le combina con dati specifici del contesto, con l'analisi di insiemi di dati omici e con l'assemblaggio di singole interazioni in unità semantiche di ordine superiore, cioè complessi proteici e moduli funzionali. I capitoli di questo libro trattano metodi computazionali che risolvono compiti diversi, come la previsione di interazioni funzionali proteina-proteina.

Il confronto basato sull'allineamento delle reti di interazione mediante SANA.

L'uso del webserver RaptorX-ComplexContact per prevedere i contatti residuo-residuo tra proteine.

Il docking di conferme alternative di proteine che partecipano a interazioni binarie e la selezione visivamente guidata di un modello di docking utilizzando COZOID.

L'individuazione di nuove unità funzionali da parte di KeyPathwayMiner e il modo in cui PathClass può utilizzare tali percorsi de novo per classificare i sottotipi di cancro al seno. Scritti nel formato della serie di grande successo Methods in Molecular Biology, i capitoli includono introduzioni ai rispettivi argomenti, elenchi dell'hardware e del software necessari, protocolli computazionali riproducibili passo dopo passo e suggerimenti per la risoluzione dei problemi e per evitare le insidie note.

All'avanguardia e completo, Protein-Protein Interaction Networks: Methods and Protocols è una risorsa preziosa sia per i ricercatori alle prime armi che per quelli esperti, interessati a saperne di più su questo campo in continua evoluzione.