Padroneggiare Python per la bioinformatica: Come scrivere codice Python flessibile, documentato e testato per l'informatica di ricerca

Recensioni dei lettori

Il libro è una risorsa completa per l'apprendimento della bioinformatica, che offre esempi pratici, una spiegazione approfondita dei concetti e un'attenzione particolare alle competenze di sviluppo del software necessarie per i bioinformatici. Tuttavia, alcuni codici forniti nel libro possono risultare non funzionanti, il che può ostacolare i progressi senza un ulteriore aiuto.

⬤ Ottimo per imparare la bioinformatica con esempi pratici tratti da sfide reali.
⬤ Spiegazioni dettagliate del ragionamento alla base delle soluzioni.
⬤ Discussione preziosa sull'assemblaggio dei programmi e sull'uso efficace dei dati.
⬤ Include contenuti sui test e sulla documentazione nella programmazione.
⬤ Adatto a persone con una certa esperienza di programmazione.

⬤ Alcuni esempi di codice non sono funzionanti e potrebbero richiedere un aiuto esterno per essere risolti.
⬤ Potrebbe non essere adatto a principianti assoluti della biologia o della programmazione senza conoscenze pregresse.

(basato su 3 recensioni dei lettori)

Titolo originale:

Mastering Python for Bioinformatics: How to Write Flexible, Documented, Tested Python Code for Research Computing

Contenuto del libro:

Gli scienziati della vita oggi hanno urgente bisogno di formazione sulle competenze bioinformatiche. Troppi programmi bioinformatici sono scritti male e mantenuti a malapena, di solito da studenti e ricercatori che non hanno mai appreso le competenze di base della programmazione. Questa guida pratica mostra ai professionisti della bioinformatica e agli studenti post-doc come sfruttare le parti migliori di Python per risolvere i problemi della biologia, creando software documentato, testato e riproducibile.

Ken Youens-Clark, autore di Tiny Python Projects (Manning), dimostra non solo come scrivere codice Python efficace, ma anche come utilizzare i test per scrivere e rifattorizzare programmi scientifici. Imparerete le caratteristiche e gli strumenti più recenti di Python, tra cui linters, formattatori, type checkers e test, per creare programmi documentati e testati. Affronterete inoltre 14 sfide in Rosalind, una piattaforma di problem solving per l'apprendimento della bioinformatica e della programmazione.

⬤ Creare programmi Python a riga di comando per documentare e convalidare i parametri.

⬤ Scrivere test per verificare il refactoring dei programmi e confermarne la correttezza.

⬤ Affrontare idee bioinformatiche utilizzando strutture dati e moduli Python come Biopython.

⬤ Creare scorciatoie e flussi di lavoro riproducibili utilizzando i makefile.

⬤ Parlare formati di file bioinformatici essenziali come FASTA e FASTQ.

⬤ Trovare modelli di testo utilizzando le espressioni regolari.

⬤ Usare funzioni di ordine superiore in Python come filter(), map() e reduce().