Iniziare il Perl per la bioinformatica

Recensioni dei lettori

Il libro “Beginning Perl for Bioinformatics” è una risorsa finalizzata all'insegnamento della programmazione Perl specificamente per gli operatori delle scienze biologiche, in particolare della bioinformatica. È pensato per i principianti senza precedenti esperienze di programmazione e ha ricevuto commenti positivi per la chiarezza delle spiegazioni, gli esempi pratici e la capacità di demistificare i concetti di programmazione. Tuttavia, diverse recensioni segnalano che il libro potrebbe non essere sufficientemente completo e potrebbe essere obsoleto, causando potenziali problemi con il debug degli script.

⬤ Ben organizzato e facile da capire per i principianti.
⬤ Fornisce una delicata introduzione al Perl con applicazioni pratiche in bioinformatica.
⬤ Include esempi chiari ed esercizi rilevanti per i problemi biologici.
⬤ Insegna efficacemente i concetti fondamentali della programmazione e le espressioni regolari.
⬤ Altamente raccomandato come punto di partenza per i biologi che vogliono imparare la programmazione.

⬤ Alcuni utenti hanno trovato il libro troppo elementare e non abbastanza approfondito per gli studenti più avanzati.
⬤ Molti recensori hanno notato che è obsoleto, il che potrebbe portare a problemi con il debug degli script.
⬤ Alcuni esempi e spiegazioni potrebbero essere migliori, in particolare per gli argomenti complessi.
⬤ Non è adatto a chi ha già una conoscenza del Perl.

(basato su 47 recensioni dei lettori)

Titolo originale:

Beginning Perl for Bioinformatics

Contenuto del libro:

Grazie alla sua sviluppata capacità di individuare modelli nei dati, il Perl è diventato uno dei linguaggi più popolari per l'analisi dei dati biologici. Ma se siete biologi con poca o nessuna esperienza di programmazione, iniziare con il Perl può essere una sfida. Molti biologi hanno difficoltà a imparare come applicare il linguaggio alla bioinformatica. I libri di programmazione Perl più diffusi sono spesso troppo teorici e troppo incentrati sull'informatica per un biologo non programmatore che deve risolvere problemi molto specifici. Beginning Perl for Bioinformatics è stato progettato per farvi superare rapidamente la barriera del linguaggio Perl, affrontando la programmazione come un'importante nuova abilità di laboratorio, rivelando programmi e tecniche Perl che sono immediatamente utili in laboratorio. Ogni capitolo si concentra sulla soluzione di un particolare problema bioinformatico o di una classe di problemi, iniziando dal più semplice e aumentando di complessità man mano che il libro procede. Ogni capitolo include esercizi di programmazione e insegna la bioinformatica mostrando e modificando programmi che affrontano vari tipi di problemi biologici pratici. Alla fine del libro avrete una solida conoscenza delle basi del Perl, una raccolta di programmi per compiti quali il parsing di BLAST e GenBank e le capacità per affrontare una programmazione bioinformatica più avanzata. Alcuni dei capitoli successivi si concentrano in modo più dettagliato su argomenti specifici di bioinformatica.

Questo libro è adatto per essere utilizzato come testo in classe, per lo studio autonomo e come riferimento. Il libro tratta di: Fondamenti di programmazione e lavoro con sequenze e stringhe di DNA.

Debug del codice.

Simulazione di mutazioni geniche mediante generatori di numeri casuali.

Espressioni regolari e ricerca di motivi nei dati.

Array, hash e database relazionali.

Espressioni regolari e mappe di restrizione.

Uso di Perl per analizzare i record PDB, le annotazioni in GenBank e l'output di BLAST.