Genomica nel cloud: Usare Docker, Gatk e Wdl in Terra

Recensioni dei lettori

Il libro fornisce un'introduzione completa e accessibile alla genomica computazionale, con esercizi pratici e un approccio passo dopo passo. Sebbene sia ben accolto per i suoi contenuti e il suo stile didattico, ci sono lamentele sulla qualità della grafica e sull'attenzione alla genomica umana, e alcuni lettori sperano in aggiornamenti dovuti alla rapida evoluzione della tecnologia.

⬤ Introduzione concisa al calcolo e alla genomica
⬤ istruzioni passo-passo per esercizi pratici
⬤ stile di scrittura umoristico e coinvolgente
⬤ riferimento completo alle migliori pratiche
⬤ utile per gli utenti di GATK
⬤ accessibile per i principianti e i ricercatori esperti
⬤ ben strutturato per l'apprendimento di gruppo.

⬤ Scarsa qualità delle figure e dei grafici
⬤ alcuni contenuti potrebbero diventare obsoleti con il rilascio di nuove tecnologie
⬤ attenzione limitata alla genomica non umana
⬤ problemi con la qualità di stampa delle copie fisiche.

(basato su 8 recensioni dei lettori)

Titolo originale:

Genomics in the Cloud: Using Docker, Gatk, and Wdl in Terra

Contenuto del libro:

I dati nel campo della genomica sono in piena espansione. In pochi anni, organizzazioni come i National Institutes of Health (NIH) ospiteranno più di 50 petabyte, ovvero oltre 50 milioni di gigabyte, di dati genomici e si stanno rivolgendo all'infrastruttura cloud per renderli disponibili alla comunità dei ricercatori.

Come adattare gli strumenti e i protocolli di analisi per accedere e analizzare questo volume di dati nel cloud? Con questo libro pratico, i ricercatori impareranno a lavorare con gli algoritmi di genomica utilizzando strumenti open source come Genome Analysis Toolkit (GATK), Docker, WDL e Terra. Geraldine Van der Auwera, da tempo custode della comunità di utenti GATK, e Brian O'Connor dell'UC Santa Cruz Genomics Institute, vi guidano attraverso il processo.

Imparerete lavorando con dati reali e algoritmi di genomica dal campo. Questo libro tratta di: Il background essenziale della genomica e delle tecnologie informatiche Operazioni di base del cloud computing Iniziare con GATK, oltre alle tre principali pipeline GATK Best Practices Automatizzare l'analisi con flussi di lavoro scriptati utilizzando WDL e Cromwell Scalare l'esecuzione dei flussi di lavoro nel cloud, compresa la parallelizzazione e l'ottimizzazione dei costi Analisi interattiva nel cloud utilizzando i taccuini Jupyter Collaborazione sicura e riproducibilità computazionale con Terra