Analisi funzionale delle Rna lunghe non codificanti: Metodi e protocolli

Titolo originale:

Functional Analysis of Long Non-Coding Rnas: Methods and Protocols

Contenuto del libro:

1. Approcci bioinformatici per la predizione funzionale degli RNA non codificanti lunghi.

Fayaz Seifuddin e Mehdi Pirooznia.

2. Visualizzazione di modelli di struttura di lncRNA e mRNA all'interno del Visualizzatore di Genomica Integrativa

Steven Busan e Kevin M. Weeks.

3. Previsione del potenziale di codifica dell'RNA mediante un modello di regressione logistica senza allineamento.

Ying Li e Liguo Wang.

4. Classificazione di RNA lunghi non codificanti in base al contenuto di K-mer.

Jessime M. Kirk, Daniel Sprague e J. Mauro Calabrese.

5. Analisi computazionale a livello di genoma e convalida di potenziali RNA lunghi non codificanti mediati da DNA-DNA: RNA triplex nel genoma umano.

Saakshi Jalali, Amrita Singh, Vinod Scaria e Souvik Maiti.

6. Utilizzo di INFERNO per inferire i meccanismi molecolari alla base delle associazioni genetiche non codificanti.

Alexandre Amlie-Wolf, Pavel P. Kuksa, Chien-Yueh Lee, Elisabeth Mlynarski, Yuk Yee Leung e Li-San Wang.

7. Una pipeline bioinformatica per integrare i set di dati GWAS e eQTL e identificare gli RNA non codificanti lunghi umani rilevanti per le malattie.

Yi Chen, Ping Li e Haiming Cao.

8. AnnoLnc: A One-Stop Portal to Systematic Annotate Novel Human Long Non-Coding RNAs

De-Chang Yang, Lan Ke, Yang Ding e Ge Gao.

9. Annotazione di RNA non codificanti lunghi a lunghezza intera con il sequenziamento a lettura lunga (CLS).

Silvia Carbonell Sala, Barbara Uszczyń.

Ska-Ratajczak, Julien Lagarde, Rory Johnson e Roderic Guigo.

10. Analisi a singola cellula di RNA lunghi non codificanti (lncRNA) in cellule cerebrali di topo.

Boyang Zhang, Wentao Xu e James Eberwine.

11. Rilevamento e caratterizzazione di RNA lunghi non codificanti associati al ribosoma

Chao Zeng e Michiaki Hamada.

12. Analisi di RNA non codificanti lunghi annotati e non annotati da sottotipi di esosomi mediante sequenziamento di RNA di nuova generazione.

Wittaya Suwakulsiri, Maoshan Chen, David W. Greening, Rong Xu e Richard J. Simpson.

13. DMS-MaPseq per il controllo della struttura dell'RNA a livello genomico o mirato, in vitro e in vivo.

Phillip Tomezsko, Harish Swaminathan e Silvi Rouskin.

14. Etichettatura e purificazione di RNA espressi temporalmente durante la fase S del ciclo cellulare in cellule vive.

Matthieu Meryet-Figuiere, Mohamad Moustafa Ali, Santhilal Subhash e Chandrasekhar Kanduri.

15. Un protocollo rapido di Immuno-FISH per il rilevamento di RNA, proteine e modifiche della cromatina.

Akiyo Ogawa e Yuya Ogawa.

16. M(R)apping RNA-Protein Interactions

Jasmine Barra, Roberto Vendramin ed Eleonora Leucci.